Claustro e pavilhão mudéjar

Foi construída entre os últimos anos do século XIV e os primeiros anos do século XV e situa-se a norte da igreja. Tem uma planta quadrada e um alçado de dois pisos. No canto noroeste encontra-se o pavilhão dos lavatórios, em cuja fonte os monges podiam lavar as mãos antes de cada refeição. A rosácea decorada com motivos rendilhados também pode ser vista das suas galerias. Nas suas galerias conservam-se vários túmulos medievais, entre os quais o de Frei Gonzalo de Illescas, esculpido pelo artista Egas Cueman entre 1458 e 1460. No centro do chamado claustro mudéjar encontra-se um atrativo pequeno templo, construído pelo monge Juan de Sevilla em 1405. Tem uma planta quadrada, aberta nos quatro lados e coberta por uma abóbada de arestas decorada no exterior com uma rica coleção de azulejos.